
Bourbourg, ville fortifiée par les comtes de Flandre connait plusieurs moments difficiles au cours des siècles : ville assiégée et/ou pillée dans le cadre de la guerre de Cent Ans (croisade d'Henri le Despenser) ou lors de l'affrontement entre la France et les successeurs des Comtes de Flandre (duc de Bourgogne, puis Autriche, puis Espagne). Les adversaires se disputent la suprématie sur la région qui, au fil des guerres, passe des mains des uns à celles des autres. Bourbourg subit ainsi plusieurs envahissements, destructions : 1479 pillage par les Français qui incendient la ville, puis retour à l'Espagne, 1636, année où la peste se déclare à Bourbourg, dont les fortifications sont renforcées par l'Espagne en 1639, 1645 reprise par les Français, reprise par les Espagnols en 1651; 1657 Turenne prend la ville pour la France et la rase plus ou moins (le bois des charpentes des ruines fut utilisé pour le siège de Gravelines qui suit celui de Bourbourg), nouveau pillage en 1675. La paix n'est durablement retrouvée qu'en 1678, avec le traité de Nimègue, Bourbourg devient définitivement française (elle l'était déjà depuis 1659 par le traité des Pyrénées mais eut à subir les agressions espagnoles jusqu'en 1678).
En 1669, la France décide, dans le cadre de la volonté de favoriser le développement de Dunkerque au détriment de Bergues, cité prédominante jusque là, de creuser le canal de Bourbourg, destiné à relier l'Aa à Dunkerque de façon plus directe que le canal de la Colme qui oblige à passer par Bergues, Vauban en sera l'ingénieur.
En 1790, les habitants de la campagne veulent obtenir leur indépendance à l'égard des bourgeois de la ville. La sécession aboutit à la mise en place de deux municipalités : Bourbourg-Ville et Bourbourg-Campagne (qui ne seront réunies qu'après la Seconde Guerre mondiale, le 12 décembre 1945). La séparation se fait en suivant les fossés des anciennes fortifications.